În Yaiba: Ninja Gaiden Z jucătorii vor intra în pielea lui Yaiba un ninja cyborg care va face orice îi stă în putinţă pentru a se răzbuna şi pentru a rămâne în viaţă şi se vor lupta cu hoarde zombie.
După ce a fost tăiat în două Yaiba a fost readus la viaţă prin intermediul cyber-tehnologiei.
Sabia ninja şi armele de care dispune au fost implementate în mâna cyborg.
Cu ajutorul acestora Yaiba îi va măcelări pe inamicii care îi ies în cale.